女性生殖系统中通常有本地细菌，是好细菌和坏细菌的共存。
大多数良性细菌是“乳酸杆菌”微生物，其特性是将阴道内皮产生的糖原淀粉分解为乳酸。阴道呈弱酸性，pH值约为4.5，有助于乳酸杆菌生长良好，同时抑制其他致病细菌的生长，对阴道有害。
还抑制导致阴道炎和气味的加德纳菌阴道炎的生长。抑制阴道真菌的生长，防止真菌感染的复发。
如果体内微生物不平衡，可能导致阴道感染、阴道pH值不平衡、盆腔感染，尿路感染、性传播感染、体内炎症。影响卵巢囊肿（POCS），输卵管阻塞、月经周期不均是不孕的一个因素。
此外，2015年，罗格斯大学的研究人员在完整的子宫内膜中发现了乳酸杆菌。2016年，斯坦福大学的莫拉诺博士报告说，肠道菌群失衡影响子宫内膜菌群。这可能是不孕治疗不成功的原因。